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Independientemente de la naturaleza jurídica de las entidades públicas, todas cuentan con una estructura para la gestión y adecuada operación, dentro de la cual se encuentran inmersos los controles; para las entidades objeto de aplicación de MIPG, esta estructura la determina dicho Modelo. El MECI, por su parte, contempla una estructura estándar para implementar el control interno en las entidades.

El MECI, a través de su esquema de líneas de defensa, permite definir la responsabilidad y autoridad frente al control y la gestión; y a través de sus 5 componentes, establece los lineamientos básicos para que se diseñen, implemente y evalúen los controles. 

Para todas las entidades a las que les aplica la Ley 87 de 1993, deberán implementar de manera simultánea y articulada, los dos elementos que hacen parte de dicha estructura, esto es las líneas de defensa y los componentes de control.

Para aquellas entidades que deben implementar MIPG, el control interno se contempla en la séptima dimensión. MIPG promueve el mejoramiento continuo de las entidades, razón por la cual éstas deben establecer acciones, métodos y procedimientos de control y de gestión del riesgo, así como mecanismos para la prevención y evaluación de éste. El Control Interno es la clave para asegurar razonablemente que las demás dimensiones de MIPG cumplan su propósito.